憧憬著神之塔塔顶的少女蕾哈尔独自离开之后，为了寻找她，少年也随之步入了神之塔。歷经艰险却突然被蕾哈尔背叛，因此少年差点丢掉性命。蕾哈尔成为神之塔最大犯罪集团FUG的一员之后，少年为了搞清自己被蕾哈尔背叛的理由，决心再次登塔……